Am Ostermontag ehrte Papst Franziskus als erster Pontifex die ausgedehnte vatikanische Nekropole unter dem Petersdom mit seinem Besuch. Geführt von den Hausarchäologen und dem Direktor der Anlage, stieg Franziskus die elf Meter unter dem Chor der Basilika hinab, um den antiken Friedhof zu besichtigen. Zum Abschluss betete er vor dem Petrusgrab. Die Bekanntgabe dieses Besuches durch das vatikanische Pressebüro zeigt die programmatische Gewichtung des neuen Pontifikats: eine Rückbesinnung auf die Ursprünge des Papsttums, als die christliche Gemeinde vom ehemaligen Fischer Simon angeführt wurde.
Der Apostelfürst hatte im Jahre 64 oder 67 zusammen mit ein paar Dutzend Christen das Martyrium im Circus des Nero erlitten, so die Tradition. Anhänger brachten den geschundenen Leichnam auf den nahe gelegenen Friedhof an der Via Cornelia, in den Teil, wo vor allem Freigelassene und Bürger der Unterschicht bestattet wurden. Nach jüdischer Sitte wurde Petrus in einem einfachen Erdgrab beigesetzt. In den nachfolgenden Jahrhunderten wurde das Grab mit einer Ädikula geschmückt (Tropaion), die sich an eine rotverputzte Mauer lehnt. Um das so gekennzeichnete Märtyrergrab entstand ein Kranz von weiteren Mausoleen. Der Platz vor dem Tropaion blieb stets frei, ein Zeichen, dass die Verehrung der letzten Ruhestätte des ersten Bischofs von Rom auch während der Christenverfolgung kontinuierlich war. Darauf würde auch ein griechisches Inschriftenfragment hinweisen (Πετρ(ος) ενι), das von der Epigraphin Margherita Guarducci zu „Petros en estin“, das heißt „Petrus ist hier“, ergänzt wurde.
Kaiser Konstantin stülpte 324 eine erste Basilika über das Grabmonument, das mit einem neuen Marmorschrein veredelt wurde (memoria constantiniana). Damit das Grab direkt unter dem Chor lag, also im Zentrum der Verehrung, konnte die Kirche nicht nach Osten ausgerichtet werden. Außerdem musste für den Bau der Abhang des „mons Vaticanus“, der vatikanische Hügel angeschnitten werden: Die Hügelkuppe wurde gekappt und tonnenweise Erdreich in der Senke aufgeschüttet. Somit verschwand die antike Nekropole bereits im vierten Jahrhundert unter der frühchristlichen Basilika. Als in der Renaissance der konstantinische Bau durch eine doppelt so große Basilika ersetzt wurde und man den Boden dafür anhob, geriet die antike Anlage völlig in Vergessenheit. Sichtbar blieb nur der obere Teil des konstantinischen Oratoriums. Als überdimensionale Krönung und Markierung des Grabes kann man die Kuppel Michelangelos bezeichnen. Tatsächlich hatte der Künstler komplizierte Messungen mit einem Lot durchgeführt, um zu gewährleisten, dass der Zenit der Kuppel exakt über der Ruhestätte des Apostelfürsten liegt. Die mosaikverzierte Palliennische in der Confessio, direkt unter dem Papstaltar, verweist heute den Petersdombesucher auf die Stelle des verborgenen Grabes. Über dem Oratorium errichtete Bernini im 17. Jahrhundert eine prächtige kleine Kapelle, um eine Andachtsmöglichkeit in der Nähe des Apostelgrabes zu bieten. Diese ist heute noch die von den Pilgern angesteuerte Verehrungsstätte, wenn sie auf das Niveau der Grotten hinuntersteigen. Gestern kniete Papst Franziskus in jener Kapelle nieder.
Der Friedhof ist erst 1940 zufällig bei dem Eintiefen der Grablege für Pius XI. entdeckt worden. Zutage kamen in einer zehnjährigen Grabungskampagne unter der Leitung von Ludwig Kaas nicht nur ein Abschnitt der Via Cornelia und 22 Mausoleen mit ägyptischen, christlichen und heidnischen Bestattungen. Es wurde auch das Tropaion, die Ädikula mit der roten Mauer aus dem zweiten Jahrhundert unter all den späteren Umbauungen herausgeschält.
1953 machte man einen Aufsehen erregenden Knochenfund. Allerdings lagen die Skelettreste nicht wie erhofft in der Erde, sondern waren in der Mauer eingelassen. Die vatikanischen Archäologen, allen voran Margherita Guarducci, sind davon überzeugt, dass es sich um die sterblichen Überreste Petri handelt.
Papst Franziskus zeigte sich sehr interessiert gegenüber den Ausführungen des Direktors der Ausgrabungen, Dr. Pietro Zander, der ihn durch die enge Gräberstraße führte und die einzelnen Phasen der antiken Bestattungen aufrollte. Aufschlussreich ist, dass im ersten Jahrhundert, also zur Zeit des Apostels, es offenbar nicht ungewöhnlich war, dass Anhänger unterschiedlicher Kulte an derselben Gräberstraße bestattet wurden. Juden, Christen und Anhänger der Isis-, Attis- und Kybelekultes ruhen friedlich nebeneinander. Wie es scheint, war einst zumindest in den Totenstädten (Nekropolis), wie die Griechen und Römer ihre Friedhöfe nannten, die Frage der Religionszugehörigkeit kein trennendes Element. Die besagte Via Cornelia verläuft parallel zu der modernen Via della Conciliazione, über den linken Abhang des „mons Vaticanus“, unter dem linken Seitenschiff des Petersdoms hindurch. Im Bereich des Deutschen Friedhofs hat man Reste des Circus entdeckt, in dem die Kreuzigung Petri stattgefunden haben soll. Dass auch unter dem wenige Meter dahinter gelegenen Gästehaus „Domus Sanctae Marthae“, der neuen, vorläufigen Residenz von Papst Franziskus, weitere Reste der Anlage zu vermuten sind oder diese zumindest in unmittelbarer Nähe zum Circus liegt, mag ein „angenehmer Zufall“ für den nach den Spuren Petri forschenden Pontifex sein.